Kapłaństwo

W 1942 r. wstąpił do tajnego Metropolitalnego Seminarium Duchownego w Krakowie, nie przerywając pracy w Solvayu. W tym samym czasie rozpoczął w konspiracji studia na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu Jagiellońskiego. Kiedy w Warszawie wybuchło Powstanie, w Krakowie hitlerowski terror nasilił się (w tzw. „czarną niedzielę” 6 sierpnia 1944 r. Niemcy aresztowali ponad 7 000 mężczyzn). Wówczas kardynał Sapieha, chcąc ratować przyszłych kapłanów, zdecydował, że alumni mają zamieszkać w pałacu arcybiskupim. Tam Karol pozostał do końca wojny, do czasu odbudowania krakowskiego seminarium na Podwalu.13 października 1946 r. alumn Metropolitalnego Seminarium Duchownego w Krakowie Karol Wojtyła został subdiakonem, a tydzień później diakonem. Już 1 listopada 1946 r. kard. Adam Stefan Sapieha wyświęcił Karola na księdza.

15 listopada 1946 r. wraz z klerykiem Stanisławem Starowiejskim poprzez Paryż wyjechał do Rzymu, aby kontynuować studia na Papieskim Międzynarodowym AthenaeumAngelicum (obecnie Papieski Uniwersytet św. Tomasza z Akwinu). Podczas studiów zamieszkiwał w Kolegium Belgijskim, gdzie poznał wielu duchownych z krajów frankofońskich oraz z USA. W 1948 r. ukończył studia z dyplomem summa cum laude.
W lipcu 1948 r. na okres 7 miesięcy ks. Karol został skierowany do pracy w parafii Niegowić, gdzie spełniał zadania wikarego i katechety. W marcu 1949 r. został przeniesiony do parafii św. Floriana w Krakowie. Tam założył chór gregoriański, z którym wkrótce przygotował i odśpiewał mszę De Angelis („O Aniołach”). Swoich chórzystów zaraził pasją i miłością do gór – razem przewędrowali Gorce, Bieszczady i Beskid. Organizowali także spływy kajakowe na Mazurach. W Krakowie otrzymał też w końcu (1948) tytuł doktora teologii (którego nie dostał w Rzymie z powodu braku funduszy na wydanie drukiem rozprawy doktorskiej). Uzyskawszy po śmierci kard. Sapiehy urlop na pracę naukową, w latach 1951-1953 rozpoczął pisanie pracy habilitacyjnej, która, chociaż przyjęta w 1953 roku przez Radę krakowskiego Wydziału Teologicznego, została odrzucona przez Ministerstwo Oświaty i tytułu docenta Karol Wojtyła nie uzyskał (aż do roku 1957). W roku 1956 objął za to katedrę etyki Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego.