Pontyfikat Sprawy kościelne

Jako papież, Paweł VI kontynuował prace nad reformą Kościoła katolickiego, a jego mottem przewodnim stała się kontynuacja II soboru watykańskiego, przerwanego na skutek śmierci Jana XXIII^[5]. Jego planem była rewizja kodeksu prawa kanonicznego i działanie na rzecz pokoju i jedności chrześcijan^[1]. Drugą sesję soboru otworzył 14 września 1963, gdzie ustalono dopuszczenie osób świeckich i ograniczono utajnienie obrad^[1]. Sesja została zamknięta 4 grudnia, a następnie Paweł promulgował Konstytucję o liturgii świętej i Dekret o środkach społecznego przekazywania myśli. Sobór został wznowiony rok później, 14 września 1964, a tydzień wcześniej papież dopuścił do obrad także kobiety (zakonnice i świeckie)^[1]. Została ona poświęcona opracowaniu najważniejszego^[5] dokumentu soboru – Konstytucji Dogmatycznej o Kościele^[1]. Wydano ją już po zakończeniu trzeciej sesji (21 listopada 1964), a oprócz niej, ukazały się także: Dekret o ekumenizmie i Dekret o Kościołach katolickich wschodnich^[1]. W tym samym czasie (wbrew Ojcom soborowym) ogłosił także Matkę Boską, Matką Kościoła^[1]. Czwarta, ostatnia sesja soboru zakończyła się 8 grudnia 1965 i wkrótce potem utworzono pierwsze komisje posoborowe^[5].
Z inicjatywy papieża obradował także w Watykanie Światowy Synod Biskupów (ustanowiony dokumentem Apostolica sollicitudo z 15 września 1965); w okresie pontyfikatu Pawła VI miało miejsce pięć sesji Synodu:

• I Zwyczajna (19 września – 29 października 1967) – zajmowała się reformą prawa kanonicznego, sprawami doktrynalnymi, wychowaniem seminaryjnym księży, małżeństwami mieszanymi oraz reformą liturgii;
• I Nadzwyczajna (11-27 października 1969) – sprawa kolegialności episkopatu;
• II Zwyczajna (30 września – 6 listopada 1971) – kapłaństwo i sprawiedliwość na świecie^[1];
• III Zwyczajna (27 września – 26 października 1974) – ewangelizacja we współczesnym świecie^[1];
• IV Zwyczajna (30 września – 29 października 1977) – katechizacja, szczególnie dzieci i młodzieży, we współczesnym świecie^[1].

Decyzją Pawła VI 15 listopada 1966 r. Kongregacja Doktryny Wiary wydała dekret anulujący kanony 1399 i 2318 ostatecznie likwidując po 400 latach indeks ksiąg zakazanych^[7]. Paweł VI dokonał reorganizacji Kurii Rzymskiej (konstytucja apostolska Regimini Ecclesiae Universae, 15 sierpnia 1967), zniósł lub ograniczył znaczenie części urzędów; jednocześnie powołał do życia nowe urzędy, uwzględniając wymogi współczesnego świata (m.in. Papieską Komisję ds. Środków Społecznego Przekazu). Zreformował również Kolegium Kardynalskie, a jego nominacje znacznie poszerzyły grono kardynałów zarówno liczebnie, jak i narodowo^[3]. Przywrócił wysokie znaczenie kardynałom-patriarchom Kościołów Wschodnich, a także wprowadził ograniczenie wiekowe prawa udziału w konklawe (80 lat)^[3]. Ponadto zarządził, by dziekan i subdziekan Kolegium Kardynałów był wybierany z grona kardynałów biskupów, a nie otrzymywał godność z tytułu starszeństwa, jak to było do tej pory^[3]. Zalecił także, by wiek 75 lat był granicą, przy której każdy biskup winien zaproponować rezygnację z funkcji^[5].
Kreował 144 kardynałów na sześciu konsystorzach^[3].